Forscherteam findet neue, einzigartige mutation in einem coronavirus-Studie

Als das Corona-Virus-Pandemie fegte über die USA, zusätzlich zu verfolgen die Anzahl der COVID täglich Fällen, ist eine weltweite wissenschaftliche Gemeinschaft engagiert bei der Verfolgung der SARS-CoV-2-virus selbst.

Efrem Lim führt ein team an der ASU, die untersucht, wie das virus kann sich verbreiten, mutiert und Anpassung im Laufe der Zeit.

Auf den Spuren des virus weltweit, Lim ’s team ist eine neue Technologie, genannt“ next-generation sequencing auf ASU ‚ s Genomics Facility, schnell zu Lesen durch alle 30.000 Chemische Briefe der SARS-CoV-2 genetischer code, Genom genannt.

Jede Sequenz hinterlegt ist, in eine weltweite gen-bank, führen Sie durch eine gemeinnützige wissenschaftliche Organisation mit dem Namen GISAID. Bis heute, mehr als 16.000 SARS-CoV-2-Sequenzen hinterlegt worden GISAID ist EpiCoVTM Datenbank. Die Sequenz-Daten zeigen, dass SARS-CoV-2 entstand eine einzige Quelle, aus Wuhan, China, während sich viele der ersten Arizona-Fälle analysiert, zeigte Reise von Europa als wahrscheinlichste Quelle.

Nun, mit einem pool von 382 Nasen-Tupfer-Proben aus möglich COVID-19 Fällen, in Arizona, Lim ‚ s team identifiziert hat, um eine SARS-CoV-2-mutation, hatte noch nie zuvor gefunden—wo 81 die Buchstaben sind verschwunden, dauerhaft gelöscht werden aus dem Genom.

Die Studie wurde veröffentlicht in der online-version des Journal of Virology.

Lim sagt, sobald er die Manuskript-Daten auf einem preprint-server medRxiv, die Sie hat weltweit das Interesse der wissenschaftlichen Gemeinschaft, einschließlich der World Health Organisation.

„Einer der Gründe, warum diese mutation von Interesse ist, denn es spiegelt eine große deletion, die sich in der 2003 SARS-Ausbruch,“ sagte Lim, assistant professor an der ASU das Biodesign-Institut. Während der mittleren und späten Phasen der SARS-Epidemie, SARS-CoV angesammelten Mutationen, die das virus abgeschwächt. Wissenschaftler glauben, dass ein geschwächtes virus, das verursacht weniger schwere Krankheit, die möglicherweise einen selektiven Vorteil, wenn es in der Lage ist, zu verbreiten effizient durch Populationen von Menschen, die unwissentlich infiziert sind.

Necken auseinander, was genau dies bedeutet, ist, der ein tiefes Interesse an Lim und seine Kollegen. Die ASU-research-team umfasst LaRinda A. Holland, Emily A. Kaelin, Rabia Maqsood, Bereket estifanos zum, Lily I. Wu, Arvind Varsani, Rolf U. Halden, Brenda G. Hogue und Matthew Scotch.

Die ASU Virologie-team hatte setup, um die Durchführung von Recherchen über die saisonale Grippe-Viren, aber wenn der 3. Fall von COVID-19 wurde in einem Arizona einzelnen am Januar 26, 2020, wussten Sie, Sie hatten alle technischen und wissenschaftlichen Fähigkeiten, um schnell pivot-zur Untersuchung der Ausbreitung von SARS-CoV-2.

„Das war die wissenschaftliche Möglichkeit, ein Leben lang für die ASU dazu beitragen kann, zu verstehen, wie das virus breitet sich in unserer Gemeinschaft“, sagte Lim. „Als ein team, wir wussten, wir konnten einen signifikanten Unterschied machen.“

Alle positiven Fälle zeigen, dass die SARS-CoV-2 virale Genom wurden voneinander Verschieden, d.h. Sie waren unabhängig von einander. Dies zeigt, dass die neuen Fälle wurden nicht mit der ersten Arizona Fall im Januar, aber das Ergebnis der letzten Reisen von verschiedenen Orten aus.

Im Fall des 81-Basenpaar-mutation, denn es ist nie gefunden worden, bevor Sie in die GISAID-Datenbank, es könnte auch eine Ahnung, wie sich das virus macht die Menschen krank. Es könnte auch einen neuen Ausgangspunkt für andere Wissenschaftler die Entwicklung von antiviralen Medikamenten oder formulieren von neuen Impfstoffen.

SARS-CoV-2 macht akzessorische Proteine, die helfen, es zu infizieren Ihren menschlichen Wirt zu replizieren und schließlich von person zu person ausbreiten. Das Genom löschen entfernt 27 Eiweißbausteine, die sogenannten Aminosäuren, die aus der SARS-CoV-2 accessory protein ORF7a. Das protein ist sehr ähnlich zu der 2003 SARS-CoV-immun-antagonist ORF7a/X4.

Das ASU-team arbeiten derzeit hart an der Durchführung weiterer Experimente zu verstehen, die funktionalen Konsequenzen der virale mutation. Das virale protein wird gedacht, um zu helfen, SARS-CoV-2 entziehen sich der menschlichen Abwehrkräfte, schließlich töten die Zelle. Dies erleichtert dem virus zu infizieren andere Zellen in einer cascading chain Reaktion, kann schnell dazu führen, dass das virus, um Kopien von sich selbst im ganzen Körper, die schließlich zu den schweren COVID-19 Symptome 8-14 Tage nach der ersten Infektion.

Lim weist darauf hin, dass nur 16,000 SARS-CoV-2 Genome wurden sequenziert, um das Datum, die weniger als 0,5% der Stämme im Umlauf. Derzeit gibt es mehr als 3,5 Millionen bestätigt COVID-19 Fällen weltweit.